Neue Erkenntnisse aus Naturwissenschaften liessen die Tautropfen-Theorie in Frage stellen. Aufgrund von Beobachtungen schrieb 1593 der Schiffskapitän Sir Richard Hawkin, dass es kaum vorstellbar sei, wie der Tau in die Auster kommen sollte.
Im Jahre 1600 erkannte Anselmus de Boot, dass Perlen im Innern der Muschel aus dem gleichen Material bestehen, wie die Schale selbst. 1609 schrieb Pedro Teixeira, dass die Perlen aus der Muschelschale geboren werden und aus demselben Material bestehen. Carl Linné machte Versuche zur Perlenherstellung mit dem Einsetzen von Fremdkörper in Süsswasser-Perlenmuscheln.
Im Jahre 1825 entdeckte Sir Edward Hume, dass in der Mitte von Perlen organische Substanzen eingeschlossen sind. Filippo de Filippi stellte 1852 fest, dass Würmer und Parasiten die Süsswassermuscheln zur Perlenproduktion anregen. E.F. Kelaart bestätigte 1859 diese Erkenntnisse. Louis Boutan stellte 1904 die Theorie des parasitären Ursprungs der Perlen auf.
Das Geheimnis der Perlenentstehung wurde 1913 vom Zoologen Alverdes gelüftet. Perlen entstehen durch Eindringen lebender Organismen in das Mantelgewebe. Die Perlmuttablagerung führt zur Perlenbildung.